Nastał czas okupacji i niszczenia wszystkiego co polskie, czego z takim wysiłkiem nauczano przez 20 lat. W szkolnictwie Niemcy zlikwidowali szkoły średnie i wyższe zachowując szkolnictwo podstawowe. W Baranowie rok szkolny 1339/40 rozpoczęty został w dniu 15 października. Obowiązki kierownika szkoły po odejściu L. Kryka przejął Wojciech Tomczyk, nauczyciel szkoły baranowskiej od 1928 roku. Grono nauczycielskie stawiło się w komplecie z wyjątkiem L. Kryka i Gitly Bussgang, która nigdy do Baranowa nie powróciła, a jej losy okupacyjne są nieznane.
Początkowo praca w szkole była taka jak przed wojną. Wkrótce jednak nadeszły nowe programy zakazujące nauki historii, geografii i literatury polskiej. Zakazano używania podręczników, poza podręcznikami do rachunków i geometrii oraz przyrody. Usunięto ze szkoły również elementarze do nauki czytania w klasie I.
W rzeczywistości starano się nauczać wszystkiego, czyniąc to jednak w sposób przemyślny, wplatając pewne treści historii i geografii w tok lekcji dozwolonych. Frekwencja uczniów początkowo wysoka z czasem zaczęła się pogarszać, gdyż rodzice często uważali istniejący stan za przejściowy, a Niemcy nie egzekwowali obowiązku szkolnego.
Z czasem wkroczyła na teren Baranowa konspiracja. Jedną z jej form była działalność Tajnej Organizacji Nauczycielskiej (TON), w której nauczyciele znaleźli swoje miejsce. Organizatorem tajnego nauczania na terenie Baranowa był Wojciech Tomczyk. Wspierali go w tej pracy: Alicja Iwanicka, Teodor Chmielewski i jego żona Eugenia Chmielewska. Tajne komplety organizowano w zakresie szkoły powszechnej oraz średniej - gimnazjum i liceum ogólnokształcącego. Ich początki w powiecie puławskim sięgają zimy 1939/40. Nauczanie odbywało się w mieszkaniach nauczycieli lub uczniów. Egzaminy końcowe zdawano przed komisją egzaminacyjną złożona z profesorów Gimnazjum im. A. Czartoryskiego w Puławach pod przewodnictwem prof. Włodzimierza Zinkiewicza. Duży wkład w organizację tajnego nauczania w Baranowie włożyła Kazimiera Filakówna, nauczycielka z Csin, która pełniła funkcję łączniczki przewożąc instrukcje i materiały z Puław. Mimo dość szeroko zakrojonej pracy nie było żadnych wsyp. Świadczy to o dobrej organizacji i zakonspirowaniu tajnego nauczania.
Bardzo cennym przyczynkiem do tego tematu jest wspomnienie jednego z uczniów - Wacława Antasa pt. ."Niewola Polski". We fragmencie tego wspomnienia czytamy: "Niemcy nie dawali się uczyć polskim dzieciom geografii i innych przedmiotów, ale pan Tomczyk nosił mapę pod płaszczem i uczył nas geografii. Niemcy kazali zdać wszystkie książki, a że my nie zdaliśmy wszystkich książek, dał pan Tomczyk 4 kg książek, ale te książki nie miały środka ani początku. Nieraz też wspominał o panu kierowniku, który był w niewoli. Niemcy kwaterowali w naszej szkle i porąbali nam ławki na ogień...
W lipcu 1944 roku "wjechały do Baranowa czołgi radzieckie". Front jednak zatrzymał się na Wiśle aż do stycznia 1945 roku. Wzdłuż całej strefy przyfrontowej na prawym brzegu Wisły, władze radzieckie ewakuowały ludność cywilną. W ten sposób ewakuowano całe Puławy. W Baranowie, w budynku szkoły znalazło się miejsce dla ewakuowanego gimnazjum i liceum ogólnokształcącego im. A. Czartoryskiego. W ciągu półrocznej nauki uczęszczało tutaj ponad stu uczniów. Dyrektorem gimnazjum był prof. Włodzimierz Zinkiewicz. Nauka w Baranowie trwała do końca stycznia 1945 roku, po czym szkoła powróciła do Puław.
Dnia 11 lutego 1945 roku powrócił z niewoli niemieckiej kierownik Leonard Kryk. Oto co po powrocie napisał w kronice o stanie szkoły: "Po całości szkoły daje się poznać olbrzymie ślady grozy wojennej. Dziatwa wygląda ubogo, budynek szkolny, pomimo tego że nowy, wygląda bardzo zniszczony. Odrapany tak na zewnątrz jak i wewnątrz. Szyby w oknach tekturą i dyktą pozasłaniane, ramy niektóre połamane i brakuje, ławki, a szczególnie stoliki, które pozostały mocno poniszczone. Biblioteka zniszczona prawie kompletnie. Pomoce naukowe, obrazy, mapy pozostały prawie że w komplecie tylko że podniszczone - szczególnie mapy. W całości pozostały księgi główne, dzienniki urzędowe Ministerstwa Oświaty, akta szkolne, przeźrocza, częściowo pomoce fizykalne. Całość pozostałego sprzętu, pomocy naukowych, należy zawdzięczać niesamowitej trosce memu zastępcy na czas wojny, p. Wojciechowi Tomczykowi, który przy pomocy woźnego, Antoniego Cwajdy z rodziną z narażeniem własnego życia uratował duży majątek szkole". W ten sposób rozpoczął się nowy etap w dziejach szkoły zwany socjalistycznym.
Był to okres, w którym cały kraj został gruntownie przekształcony pod względem ustrojowym. Politycznie państwo znalazło się w strefie wpływów ZSRR i utraciło swą suwerenność. Specyficzny charakter nowego ustroju politycznego - określany dzisiaj jako państwo totalitarne - wywierał swój wpływ nie tylko na przemiany natury politycznej i gospodarczej, ale starał się również przekształcić duszę społeczeństwa, jego poglądy, przebudować wartości i wskazać nowe ideały. Zaczęto więc tworzyć nowego człowieka. Jakże odmienny był program wychowawczy od tego sprzed wojny. Szkoła chcąc, nie chcąc chociaż tworzona przez przedwojennych nauczycieli musiała poddać się nowym wymogom i stała się kuźnią Polski socjalistycznej.